Kamień węgielny pod obecną świątynię położono w uroczystość Zwiastowania Pańskiego 25 marca 1343 r. Nad wejściem do zakrystii widnieje częściowo zachowany napis, mówiący o tym wydarzeniu. Początek budowy łączy się z przywilejem wystawionym gminie miejskiej Gdańska, przez wielkiego mistrza krzyżackiego Ludolfa Koniga, wiosną 1343 R. Świątynię budowano etapami przez 159 lat. Budowa pierwotnego, mniejszego kościoła zakończona została w latach 1360/61. Mieścił się on w obrębie dzisiejszego korpusu zachodniego i posiadał przekrój bazylikalny. W okresie drugim w latach 1379/1447 wybudowano dzisiejszy transept i prezbiterium oraz przystąpiono do podwyższania wieży. W okresie trzecim w latach 1484/1502 obie ściany naw bocznych zastąpiono nowymi oraz całe wnętrze przesklepiono.

Ważnym momentem w dziele dalszej rozbudowy kościoła było zawarcie w dniu 6 marca 1379 r. umowy, pomiędzy starszyzną kościelną a budowniczym Mistrzem Henrykiem, zwanym Ungeradin, na budowę nawy krzyżowej i prezbiterium o założeniu halowym. Mistrz Henryk kierował również w Gdańsku budową ratusza. W czasie wojny trzynastoletniej (1454/66) budowa prawie całkowicie stanęła. Zaledwie jednak wojna przybrała pomyślny obrót, odżył na nowo zapał dla dalszej rozbudowy świątyni. Tym bardziej, że złożono w niej główne trofea wojenne: oprawione w srebro relikwie św. Krzyża oraz św. Barbary. Zwiększyły one duży zbiór cennych relikwii przechowywanych w świątyni, wśród których znajdował się m.in. fragment laski Mojżesza, którą rozdzielił wody Morza Czerwonego.

Rozpoczął się ostatni okres budowy. W piątek po Wielkanocy 1498 r. Wydano zlecenie rozpoczęcia prac przy wznoszeniu sklepień. Ze względu na brak wystarczających środków sądzono, że prace te potrwają bardzo długo. Gdańszczanie rozpoczęli jednak prawdziwe współzawodnictwo w budowie poszczególnych stropów, aby fundacją jednego lub kilku sklepień unieśmiertelnić swe nazwisko. W czwartek 28 lipca 1502 r. godz. 16.00 mistrz Henryk Hetzel położył ostatnią cegłę sklepienia.
Imponująca budowla sakralna została ostatecznie ukończona.

Posiada ona kubaturę ok. 155000 m³, długość 105,5 m, szerokość w transepcie 66 m. Na 27 wolno stojących filarach, wspiera się wspaniałe sklepienie gwiaździste i kryształowe. Wznosi się ono na wysokości 30 m. Wnętrze świątyni oświetlone jest przez 37 olbrzymich okien, z których największe wschodnie, ozdobione witrażem, posiada powierzchnię 127 m².

Do wnętrza kościoła prowadzi 7 bram, każda z innej uliczki. Zdobi go siedem wież iglicznych, 3 ceramiczne i masywna wieża dzwonna o wysokości 82 m (do kalenicy), zakończona dwoma dachami, między którymi znajduje się pomost widokowy.

W potężnej świątyni zmieścić się może ok. 20 tysięcy osób. Wraz z budową świątyni hojnie wyposażano poszczególne kaplice, umieszczając w nich cenne dzieła sztuki sakralnej, fundowane przez możne rody gdańskie oraz bractwa i cechy rzemieślnicze.
Rozwijało się również intensywne życie parafialne. Wyrazem rozwoju parafii było ufundowanie, w pełni zorganizowanej, biblioteki. Proboszcz mariacki Andrzej Slommow 24 czerwca 1413 r. uzyskał zgodęwielkiego mistrza krzyżackiego Henryka von Plauen na założenie parafialnej biblioteki. W dokumencie fundacyjnym wielki mistrz stwierdził, że »Kościół Mariacki ma wielu parafian, którzy potrzebują światłych nauczycieli i kaznodziejów, posiadających dobre księgi, aby wskazywać ludowi drogę prawdy i wiecznego szczęścia«.

Około 1445 r. biblioteka liczyła prawie 100 rękopisów. Niektóre z nich były zdobione przez gdańskich iluminatorów i posiadały cenne oprawy. W 1427 r. rada Głównego Miasta uzyskała od wielkiego mistrza Paula von Russdorfa, prawo nominacji rektora tworzonej szkoły przy kościele NMP. Dostrzegając potrzebę rozwoju szkolnictwa rada Głównego Miasta, w porozumieniu z proboszczem Andrzejem Slommowem, w 1436 r. podjęła próbę zorganizowania sześć szkół, a więc przy każdym kościele parafialnym. Rósł również prestiż religijno-społeczny świątyni. W jej podwojach witani byli, odwiedzający Gdańsk, królowie. 15 maja 1457 r. król Kazimierz Jagiellończyk w wielkim przywileju wydanym dla Gdańska, zastrzegł sobie i swoim następcom prawo patronatu nad kościołem NMP i prezentowania kandydatów na jego proboszczów.