Tuż przy wejściu do nawy głównej znajduje się baptysterium. Jest ono niestety znacznie zniszczone wskutek działań wojennych.

Składa się obecnie z elementów pochodzących z dwóch kościołów. Baza, rzeźby figuralne z brązu i bramka pochodzą z chrzcielnicy mariackiej, natomiast zbiornik na wodę chrzcielną, czyli czasza, z kościoła św. Jana. Pierwotna chrzcielnica mariacka wykonana była z kamienia wapiennego na początku XV wieku. Ostatnia wzmianka o niej z 1613 r. mówi, że gmina protestancka wykorzystała starą chrzcielnicę jako wsad w piecu do wypalania wapna. Dnia 9 listopada 1552 r. »ojcowie kościoła« podpisali umowę z mistrzem Corneliusem Hohe na prace kamieniarskie, a następnie z mistrzami Heinrichem Neuborg i Bartelem Pasteyde na prace rzeźbiarskie przy cokole nowej chrzcielnicy. Montażcokołu na dzisiejszym miejscu w świątyni rozpoczęto 17 kwietnia 1554 r., a 26 lipca tegoż roku mistrz Cornelius został wysłany do Utrechtu, gdzie miał obstalować czaszę z trzonem i wszystkie inne elementy brązowe chrzcielnicy. Misja okazała się bardzo owocna, gdyż dla wykonania projektu i modelu odlewniczego pozyskano mistrza Hinrika Wyłlemssona, a dla wykonania odlewu Adriana Hynrichsena. We wrześniu 1557 r. ukończone dzieło wysłane zostało drogą morską do Gdańska ale 29 września przed Półwyspem Helskim statek wiozący chrzcielnicę doznał poważnej awarii.

Kapitan Piotr Jansen zaskoczony gęstą mgłą i gwałtową burzą kazał opuścić dwie kotwice. Inny statek gnany potężnym wichrem uderzył w Holendra, zerwał obie kotwice i spowodował poważne szkody. Przed Sądem Kapitańskim Głównego Miasta Hauptbosman Vinzenz Godkens i pisarz okrętowy Wolf Mirische przedstawili okoliczności katastrofy w dniu św. Michała. Podkreślali, iż od niechybnej śmierci uratowało ich chyba tylko to, że na swym pokładzie wieźli chrzcielnicę. Statek kapitana Petera Jansena wszedł więc na Motławę, gdzie za pomocą wielkiego żurawia wyładowano cenną przesyłkę i specjalnym wozem, przystosowanym do wielkich ciężarów, przewieziono ją do kościoła. Dnia 16 listopada 1557 r. chrzcielnica znalazła się na dzisiejszym miejscu. Po pięciu latach dzieło zostało ukończone. Kosztowało ono 10465 marek.

Ośmioboczny cokół chrzcielnicy wykonany jest z gotlandzkiego piaskowca. Zdobi go siedem reliefów ze scenami biblijnymi. Patrząc od bramki w lewo widzimy: Pochód miłosierdzia z barankiem w uprzęży, który ciągnie wóz z kobietami i dziećmi, Chrzest Chrystusa w Jordanie, Chrzest dworzanina królowej egipskiej, Widzenie św. Piotra i chrzest Korneliusza, Złączeni z Chrystusem przez zmartwychwstanie, scena ilustruje rozdz. VI listu św. Pawła do Rzymian, następna scena nosi nazwę Zbroja chrześcijanina i ilustruje rozdz.VI listu św. Pawła do Efezjan, ostatni relief przedstawia Przejście Żydów przez Morze Czerwone. Poszczególne reliefy ujęte są filarkami, na których znajdują się lwie maski lub główki aniołków.

Z elememtów brązowych wykonanych przez Wyllemssona i Hynrichsena zachowały się rzeźby alegoryczne z narożnych słupków ogrodzenia. Są to, patrząc od bramki w lewo: Hojność z rogiem obfitości, Stanowczość z kolumną i nogą wspartą na piedestale, Miłosierdzie z dwójką dzieci i opuszczoną na dół pochodnią, Wiara z krzyżem, Nadzieja z kotwicą, Umiarkowanie z dzbankiem wody dolewanej do wina, Mądrość z lusterkiem i wężem oraz Sprawiedliwość z wagą, mieczem i przepaską na oczach. Zachowały się również dwie małe rzeżbki Ewangelistów: św. Marek z lwem i św. Łukasz z uskrzydlonym wołem. Ostatnim zachowanym elementem brązowym jest bramka, zdobiona ażurowym ornamentem geometrycznym, o trójkątnym zwieńczeniu, w którym znajdują się maszkarony. Obecna ośmioboczna czasza chrzcielnicy wraz z trzonem pochodzi z kościoła św. Jana. Powstała ona w 1682 r. Wykonana jest w kształcie pucharu z twardego drewna, z wyjątkiem naczynia na wodę. Obita jest złoconą blachą miedzianą, na której techniką repusowania wykonano bogaty ornament. Dolna partia trzonu chrzcielnicy zdobiona jest ornamentem roślinnym. Wyżej, rozmieszczone są symetrycznie wazy z kwiatami, ponad nimi zaś, uskrzydlone główki aniołów. Czasza natomiast, oprócz ornamentu roślinnego, zdobionajest ośmioma owalnymi kartuszami, w których znajdują się postacie czterech Ewangelistów i sceny z Nowego Testamentu. Ośmioboczna przykrywa chrzcielnicy zwieńczona jest koroną królewską, spoczywającą na ozdobnych tralkach. Pod nią znajdowała się wykonana z mosiądzu grupa przedstawiająca Chrystusa i św. Jana udzielającego Mu chrztu. Do dziś zachowała się z chrzcielnicy tylko jedna noga. Na obrzeżu pokrywy znajduje się napis: »Diese TaujJe ist Gott Ul Ehren Der Kirchen. Zur Zierr von Frauen Cattarina Zappin ver Eehrett.« (Chrzcie/nicę tę Bogu na chwałę i ku ozdobie kościoła ufundowała Katarzyna Zappio.)