Niestety, po wojnie wielowiekowy dorobek gdańszczan został zagrabiony przez władze totalitarnego reżimu komunistycznego, rozproszony i do tej pory jest częściowo przetrzymywany w muzeach Warszawy i Gdańska. Ponad 150 obiektów zabytkowych już odzyskano, natomiast o zwrot pozostałych toczą się intensywne starania.

W 1946 r. przystąpiono do odgruzowywania świątyni i zabezpieczania ocalałych sklepień. W sierpniu 1947 r. rozpoczęto gigantycznąi pełną niespodzianek pracę, montowania żelbetowej więżby dachowej o powierzchni ponad 8 tys. m2, przy tym lżejszej o 15 'Y., od poprzedniej, drewnianej. Konstrukcja dachowa składa się ze 127 więzarów, 18 tys. dyli żelbetowych i Ok.l hektara dachówki. Zniszczone sklepienia odtwarzano wiernie z ruchomych platform, wiszących na stalowych linach na wysokości 30 m. Pierwszy etap odbudowy, obejmujący również rekonstrukcję bram i okien oraz ułożenie posadzki. zakończono uroczystym poświęceniem połowy świątyni 17 listopada 1955 r. Wspaniała bryła świątyni mariackiej ponownie stała się głównym akcentem miasta.

Następnie rozpoczęto wyposażanie oraz żmudną rekonstrukcję wnętrza i konserwację poszczególnych sakralnych obiektów zabytkowych. Dzieło to do dnia dzisiejszego prowadzi Proboszcz kościoła mariackiego i 40 jego współpracowników, dzięki ofiarnemu wsparciu parafian i licznych turystów z całego świata.