Od 1980 r. w Kaplicy św. Jakuba prowadzone były prace odkrywkowe i konserwatorskie nad malarstwem ściennym. Przeprowadzał je zespół konserwatorów Uniwersytetu Toruńskiego pod kierownictwem prof. dr Marii Roznerskiej. Pod pięcioma warstwami' wapiennej pobiały znaleziono monumentalne sceny, pochodzące z pierwszych dziesięcioleci XV wieku. Na szkarpie widzimy postać Św. Jakuba - patrona kaplicy, w kapeluszu z charakterystyczną muszlą, znakiem rozpoznawczym średniowiecznego pielgrzyma. Ponad nim zmarli powstają ze swych grobów i kryją się pod płaszczem miłosierdzia Matki Boskiej. Ponad tą grupą wznosi się tronujący Chrystus w mandorlii - Sędzia źywych i umarłych. W niszy na ścianie wschodniej ponad ołtarzem znajduje się cykl malowideł pasyjnych. Poprzedza go ciekawe wyobrażenie Trójcy św. ukazanej w postaci trzech mężczyzn siedzących na współnym tronie i trzymających się za ręce. Głowy ich objęte są wspólnym nimbem krzyżowym. Pozbawieni są wszelkich atrybutów, różnią się jedynie kolorem szat. Cykl pasyjny rozpoczyna scena Ostatniej Wieczerzy, namalowana na wszystkich trzech ścianach niszy. Powyżej jest scena Modlitwy w ogrodzie oliwnym, a ponad nią Pojmanie. Następnr sceny cyklu rozmieszczone są w trzech strefach po trzy w każdt:J. Są to: Chrystus przed arcykapłanem, Chrystus przed Piłatem, Obnażenie z szat, Chrystus przed Herodem, Cierniem ukoronowanie, Biczowanie, Dżwiganie krzyża, Ukrzyżowanie, Zdjęcie z krzyża. A u góry: Zmartwychwstanie i Zstąpienie do otchłani.